一、了解被审计单位及被审计科目的基本情况
了解被审计单位及被审计科技项目的基本情况，着重了解科技人员人数及知识结构、研究方向、课题、专利及科技查新报告，了解被审计单位取得各科技项目的有关立项批复、阶段性(如小试、中试、结题)报告。
二、审计被审计单位是否专户管理、专户存储
审查被审计单位是否按照企业会计制度，对科技项目经费是否单独设置账页核算、实行专户管理。
索取科技部门下达的科技项目经费的计划，将科技部门下达的科技项目经费的计划与被审计单位明细账页核对，审查经费是否按照规定及时到位，有无少拨科技项目经费，是否全部作“专项应付款”入账、是否专户存储。
三、审查有无转移科技项目经费
审查经费使用是否符合规定，有无转移科技项目经费。审查银行对账单与银行存款明细账期末余额是否一致，着重对“未达账款”进行调整，追根溯源，确保科技项目经费的安全完整。审查有无专户银行对账单上有而银行存款明细账无记录的往来业务。如果存在被审计单位专户银行对账单有资金进出，而账面未作处理，或只在账面的“银行存款”科目一进一出的情况，则存在转移科技项目经费的可能。应详细审查往来款项，追查资金去向转回配套资金。
