水土保持监督管理的工作程序为：申报—登记—审批—收费—监督检查—验收等共六个程序。

1、申报：即指在生产建设活动中可能产生水土流失的公民、法人和其它组织，在生产建设动工之前，向水行政主管部门及水土保持监督管理机构说明有关情况的过程。

申报的内容：包括单位名称(个人姓名)、法人代表人、地址、经营性质、生产建设、项目名称、施工时间、占地面积、主要位置和可能造成的水土流失情况等。并填写《申报表》。

2、登记：即指水行政主管部门及其水土保持监督管理机构，对从事与水土保持有关的生产建设的公民、法人和其他组织在书面申报或口头报告的基础上，根据申报表及有关材料中所提供的情况，对所有与水土保持有关的生产建设单位和个人分门别类，逐个登记，立档建卡，并制作生产建设项目登记表及分布图的全过程。

登记的内容：单位名称(或个人姓名)、法定代表人、单位住址、施工地点、施工范围、生产建设项目名称及种类，经营性质等。并填好《生产建设项目水土保持登记表》。

3、审批：即指水行政主管部门及其水土保持监督管理机构，对从事与水土保持有关的生产建设的公民、法人和其他组织向本部门申报水土保持方案(水土保持方案具体分为“水土保持方案报告书”和“水土保持方案报告表”两种)所进行的审查批准的全程。

审批的内容：审批的内容主要包括“水土保持方案报告书”和“土保持方案报告表”。

水土保持方案编制完成后，由该项目申请单位和个人报请水行政主理部门审批。经水行政水保部门审查并批准后，项目申请单位才能到计划行政部门申请核准建设项目可行性研究报告和办理其他有关审批手续。

水土保持方案实行分级审批制度。属国家和省批准立项的重点项目，其水土保持方案应由国家和省级水行政水保部门审批。跨地、县的水土保持方案，报上一级水行政水保部门审批。

4、收费：即指水行政主管部门及其水土保持监督管理机构，征收水土流失防治费、补偿费的全过程。

防治费是指企事业单位或个人在建设和生产过程中对造成的水土流失采取防治措施所需的费用。补偿费是指生产建设单位或个人在生产建设过程中损坏了原有的水土保持设施(包括生物设施、工程设施和农耕设施)和具有一定保持水土功能的地貌、植被，从而降低或减弱其原有的水土保持功能，所必须为此补偿的费用。

收费依据：《水土保持法》第二十一条第二款，《水土保持法》第二十七条及《水土保持法实施条例》第十九条等。

收费标准：按云南省物价局、省财政厅、省水利水电厅云价费发(1997)25号文“关于印发水土流失防治费及水土保持设施补偿费征收标准和使用管理暂行办法》的通知”和文山州人民政府批转文山州发展和改革委员会、文山州水务局关于加强水土流失防治费及水土保持设施补偿费征管工作的意见的通知(文政发[2006]94号)标准征收。

收费的对象：

水土流失防治费的收缴对象为：一、因技术或者不便于自行治理的单位和个人;二、是对已批准的“水土保持方案报告书”、“水土保持方案报告表”不进行实施的企事业单位和个人;三、主要是针对那些非定点式、流动性大，自己治理不现实的建设单位或个人。

补偿费的收缴对象是在建设和生产过程中损坏水土保持设施的单位和个人。

5、监督检查：即指水行政管理部门及水土保持监督管理机构，为了实现水土保持行政管理的职能，对管理相对人遵守法律、行政处理决定和处罚决定的情况所进行的监督和检查。水土保持行政监督检查的对象是被管理人。

监督检查的内容：

第一、检查有关单位和个人在生产建设活动中是否造成或者可能造成水土流失。

第二、检查是否向水行政水保部门提交了“水土保持方案报告书”或“水土保持方案报告表”。

第三、检查是否有水行政主管部门审批的水土保持方案。

第四、检查这些有水土流失防治任务的企事业单位或个人，是否已定期向水行政主管部门通报了有关水土流失防治的工作情况。

第五、重点监督“三同时”制度的执行情况。一是检查防治费的用途是否正确;二是检查其水土保持措施是否与方案中所要求的一致;三是检查水土保持治理措施质量是否符合标准;四是检查项目工程竣工时间，特别是重点查看方案报告中的水土保持工程是否按规定的时间与主体工程同时竣工。

第六、对防治费的收交和使用情况进行监督检查。

第七、对预防保护效益情况的检查：一是检查水土流失在面积上和总量上的减少程度;二是检查通过预防保护措施后，所减少的水土流失危害以及由此而减少的损失费;三是监测通过治理管护而发挥的效益;四是统计通过开展监督管理工作，使各有关单位和个人对水土流失治理增加的投入。

6、验收：即指水行政主管部门及其水土保持监督管理机构，对生产建设单位和个人所建设的水土保持设施，按照审批的水土保持方案和“水土保持技术标准”进行竣工检验的过程。

验收的基本要求：在建设项目主体工程竣工验收时，必须同时验收项目中的水土保持设施，并由负责审批水土保持方案的水行政主管部门主持验收工作。经验收合格并颁后，主体项目工程才能投产使用。