水土保持方案一般在可行性研究阶段编制完成并办理审批手续。其中，审批制项目，在报送可行性研究报告前完成水土保持方案报批手续;核准制项目，在提交项目申请报告前完成水土保持方案报批手续;备案制项目，在办理备案手续后、项目开工前完成水土保持方案报批手续。
由于路线方案未定等因素限制，在可行性研究阶段编制水土保持方案报告书确有困难的公路、铁路建设项目可以在初步设计阶段编制水土保持方案并办理报批手续，但必须按管理权限经水行政主管部门同意，并在可行性研究阶段提出水土保持投资估算并纳入项目总投资。
不进行可行性研究的开发建设项目，水土保持方案应在开工前的第一个设计阶段编制完成。
水土保持方案报告书和水土保持方案报告表实行分级审批制度。
中央立项，且征占地面积在50hm2以上或者挖填土石方总量在50*104m3以上的开发建设项目或者限额以上技术改造项目，水土保持方案报告书由国务院水行政主管部门审批;
中央立项，征占地面积不足50hm2且挖填土石方总量不足50*104m3的开发建设项目，水土保持方案报告书由省级水行政主管部门审批;地方立项的开发建设项目和限额以下技术改造项目，水土保持方案报告书由相应级别的水行政主管部门审批。
水土保持方案报告表由开发建设项目所在地县级水行政主管部门审批。
跨地区项目的水土保持方案，报上一级水行政主管部门审批。
经审批的项目，如性质、规模、建设地点等发生变化时，项目单位或个人应及时修改水土保持方案，并按照本规定的程序报原批准单位审批。
